Juicebox VR

Explorez Salut-C 3D données de séquençage du génome dans un environnement de réalité virtuelle!

Juicebox VR crée une représentation de la réalité virtuelle des données générées par la méthode Salut-C pour le séquençage du génome en trois dimensions. Chaque poste 2D dans le paysage correspond à une paire de positions 1D, ou loci, dans les trois milliards de lettre au long de génome humain. La hauteur à la position 2D représente la fréquence à laquelle les deux loci sont en contact dans le noyau d'une cellule.

Depuis proximité loci bosse souvent un dans l'autre, un «mur» massive de contacts de courte portée divise le paysage. Plateaux carrés venant de la diagonale correspondent à des domaines génomiques condensés, appelés domaines de contact. Pics dans le paysage correspondent à des boucles dans le génome. Contactez domaines sont souvent délimitées par des boucles, ce est pourquoi les domaines carrés ont souvent des pics dans leur coin.

Le contrôleur voler dans ne importe quelle direction vous regardez. Regardez droit pour un super saut.

Juicebox VR a été créée par Muhammad Shamim, Ido Machol et Erez Lieberman Aiden.

Les données sont tirées de:

Suhas Rao *, Miriam Huntley *, Neva C. Durand, Elena Stamenova, Ivan Bochkov, Jim Robinson, Adrian Sanborn, Ido Machol, Arina Omer, Eric Lander et Erez Lieberman Aiden. Une carte 3D du génome humain au Kilobase Résolution révèle Principes de la chromatine Looping, Cell (2014).

* Contribué aussi

Notez que les données utilisées pour générer le paysage est une région extrêmement petite de, une carte complète du génome entier. La carte de contact complète pour le génome humain est un trillion de fois plus grande que cette carte.

En savoir plus sur notre travail au www.aidenlab.org.

Musique: Montée par Stellardrone

IMPORTANT: Pour afficher correctement l'application, un casque de réalité virtuelle, tels que Google carton, Durovis Dive, ou Samsung vitesse VR doit être utilisé.